Margarita Aliger sinh ở thành phố cảng Odessa trong một gia đình công chức. Sau khi học xong trường trung cấp làm việc ở một nhà máy theo chuyên môn. Những năm 1934 – 1937 học trường viết văn Gorki. Bắt đầu in thơ từ năm 1933.

Năm 1942 viết trường ca Zoya (Зоя) về nữ du kích Zoya Anatolyevna Kosmodemyanskaya, người phụ nữ đầu tiên được truy tặng danh hiệu Anh hùng Liên Xô trong cuộc chiến tranh vệ quốc vĩ đại. Đây là tác phẩm xuất sắc nhất của bà được tặng Giải thưởng Stalin năm 1943. Số tiền 50.000 rúp của giải thưởng được Aliger gửi tặng các chiến sĩ Hồng quân đang chiến đấu ngoài mặt trận.

Ngoài sáng tác, Margarita Aliger còn dịch thơ Pablo Neruda, Edna St. Vincent Millay và nhiều nhà thơ lớn của các nước cộng hòa thuộc Liên Xô cũ ra tiếng Nga. Ví những thành tựu trong dịch thuật bà được tặng giải thưởng Pablo Neruda năm 1989.

Margarita Aliger có hai đời chồng và hai người con nhưng bất hạnh. Người con gái đầu của bà là một dịch giả tài năng nhưng chết sớm. Người chồng thứ hai của bà tự tử. Người con gái với người chồng thứ hai cũng tự tử năm 1991. Margarita Aliger cũng kết liễu cuộc đời mình một cách không bình thường ở ngoại ô Moskva năm 1992.